Mathilde Hübner wurde 1884 als dritte von fünf Töchtern des Ehepaares Agnes Hübner (geb. von Coulon) und Gustav Hübner in Oberhollabrunn geboren. 1895 übersiedelte die Familie Hübner in die Reichshaupt- und Residenzstadt Wien, wo Mathilde Hübner im selben Jahr in eine Privat-Bürgerschule für Mädchen eintrat. Ab 1898 besuchte sie die Höhere Töchterschule des Schulvereins für Beamtentöchter in Wien, wo sie jedoch nur ein Jahr absolvierte, um – wie schon ihre Eltern – im Jahr darauf die Berufsausbildung zur Lehrerin einzuschlagen.
